La modifica dello stato dei pacchetti così come descritta nella sezione precedente non ha realmente effetto su ciò che installato sul sistema. Perciò si può regolare lo stato dei pacchetti senza conseguenze sul sistema fino a che non si è soddisfatti del risultato; una volta che lo si è si possono «applicare» le modifiche installando o rimuovendo effettivamente i pacchetti.^[8]

Per applicare le modifiche, usare il comando Azioni → Installa/rimuovi pacchetti (g). Quando si seleziona questo comando viene visualizzata una schermata di anteprima che descrive i cambiamenti che saranno effettuati. Questa schermata non è altro che un elenco dei pacchetti, e i pacchetti possono essere manipolati (ad esempio, annullando rimozioni non desiderate) qui come nell'elenco principale.

Quando si è a posto, usare Viste → Chiudi (q) per annullare l'installazione o usare Azioni → Installa/rimuovi pacchetti (g) per procedere. aptitude scarica qualsiasi file che sia necessario scaricare, poi chiede se continuare con l'installazione. Quando si seleziona «Continua» iniziano le installazioni e le rimozioni.

I pacchetti che aptitude scarica vengono posti in una directory cache (tipicamente /var/cache/apt/archives). Normalmente vengono lasciati in questa directory indefinitamente. Per cancellare tutti i file in questa directory, usare Azioni → Pulisci la cache dei pacchetti; per cancellare solo i file che non possono più essere scaricati (cioè i pacchetti obsoleti), usare Azioni → Cancella i file vecchi.